Ebenen der Leitung:

Gesamtleiterkreis
Er trägt dafür Sorge, dass die Nehemia Initiative ihrer Vision und Berufung treu bleibt. Im Gesamtleiterkreis sind die wesentlichen Initiativen personal vertreten. Derzeit besteht er aus Friedemann Kalmbach (Gesamtleiter), Claudia Elwert und Mechthild Humpert (diakonische Initiativen), und Ulrich Schlittenhardt (Mosaik).

Bereichsleiterkreise
In den Bereichsleiterkreisen kommen Leiter aus ähnlichen Arbeitsfeldern zusammen, um ihre Aufgaben zu koordinieren und zu planen. Derzeit gibt es zwei Bereichsleiterteams: die Bereichsleiter von "Mosaik" und die Bereichsleiter vom "Zentrum für Gesundheit - Therapie - Heilung".

Mitarbeitergemeinschaft
Sie ist die verbindliche Gemeinschaft aller Mitarbeiter, durch die die Nehemia-Initiative geistlich und finanziell getragen wird (zu ihr gehören auch die Mitglieder des e.V.). Sie trägt dafür Sorge, dass die geistliche Berufung der Nehemia-Initiative bewusst bleibt und praktisch umgesetzt wird.